Elektroforeza DNA w praktyce laboratoryjnej, diagnostyce i kryminalistyce

w dniu

Elektroforeza DNA w praktyce laboratoryjnej, diagnostyce i kryminalistyce





Prowadząca: dr Wioletta Pluskota

Lokalizacja: Katedra Fizjologii, Genetyki i Biotechnologii Roślin,

Podczas warsztatów uczestnicy zapoznają się z zasadami elektroforetycznego rozdziału DNA oraz samodzielnie przeprowadzą wszystkie etapy procedury laboratoryjnej – od przygotowania żelu agarozowego i obsługi pipet automatycznych, poprzez nanoszenie próbek, aż po ich rozdział w polu elektrycznym. Następnie zapoznają się z zastosowaniem tej techniki w kryminalistyce, m.in. w analizie profili DNA, oraz w diagnostyce medycznej, w szczególności w wykrywaniu mutacji genetycznych i chorób zakaźnych. Istotnym elementem warsztatów będzie również rozwiązywanie zadań problemowych obejmujących analizę schematów oraz interpretację wyników rozdziału fragmentów DNA, uwidocznionych w świetle UV.

Komentarze

Prześlij komentarz

Popularne w tym miesiącu

Obraz

Szczotecznica szarawka: włochata piękność z lasu - dlaczego raz jest lepiej być widocznym a czasem nie?

(Fotografia autorstwa: Jutta Bündgen) Cykl życiowy wielu organizmów jest złożony, poszczególne stadia rozwojowe mogą się od siebie bardzo różnić wyglądem, siedliskiem życia, funkcją w ekosystemie. Złożoność przyrody jest ogromna ale wszystko ma jakiś sens. Odkrywanie tych zależności i powiązań jest niezwykle ekscytujące i wciągające. Zazwyczaj gąsienice motyli uważamy za brzydkie a motyle (stadium imago) za piękne. Ale w przypadku szczotecznicy szarawki jest chyba odwrotnie. Motyle (ćmy) są szarobure i nie zwracają na siebie większej uwagi. Natomiast gąsienice się przepięknie żółte i włochate. I jedno i drugie służy obronie. Szara barwa motyli ułatwia im ukrycie się na pniu drzew (gdy odpoczywają na pniu to trudno jest je zobaczyć). W rejonach uprzemysłowionych, gdzie powietrze jest bardziej zapylone i zadymione (a więc wszystko przykryte kurzem i szarzyzną) wśród szczotecznicy przeważają osobniki szare. W środowisku czystym liczniejsza jest forma jasna. Czyli tak, jak wyglądają pnie d...
Obraz

Zajrzyj pod kapelusz grzyba i sprawdź co zobaczysz

Fot. 1. Cantharellus cibarius , listewki  Grzyby występujące w naszych lasach zaliczamy w większości do wielkoowocnikowych ( Macromycetes ). Budowa morfologiczna (zewnętrzna) owocników tych grzybów jest cechą charakterystyczną dla rzędu czy rodziny. Zazwyczaj określa się je jako: kapeluszowe, czyli agarykoidalne. Nazwa ta pochodzi od nazwy łacińskiej pieczarki – Agaricus , która jest chyba jednym z najbardziej znanych grzybów występujących na łąkach ale dostępnych także w sprzedaży detalicznej. W budowie owocnika wyróżniamy dwa podstawowe elementy: trzon i kapelusz. Czy zastanawialiście się co grzyb ma pod kapeluszem? Na pewno można byłoby określić to „miejsce” jako „fabryka produkująca zarodników służące do rozprzestrzeniania się na znaczne odległości”. Przyjrzyjmy się temu z bliska. Grzyby należące do podstawczaków ( Basidiomycetes ) tworzą na ogół widoczne owocniki o średnicy powyżej 0,5 cm lub 0,1 cm). Ich miąższ może wykazywać dużą różnorodność pod względem charakteru pseudotk...
Obraz

Purchawki, purchawice, tęgoskóry i czasznice czyli o owocnikach gasteroidalnych

Fot. 1. Czasznica.  Grzyby gasteroidalne, czyli tzw. wnętrzniaki, to grupa grzybów, których cechą charakterystyczną jest zamknięcie hymenium wewnątrz owocnika aż do momentu dojrzałości zarodników. W skład tej grupy wchodzą gatunki należące do zupełnie odrębnych linii rozwojowych – z tego względu wnętrzniaki podzielone zostały na szereg mniejszych jednostek w randze rzędów. Wnętrzniaki pochodzą prawdopodobnie od pieczarkowców ( Agaricales ), u których pojawiła się tendencja do przekształceń owocników kapeluszowych w owocniki zamknięte. Przypuszcza się, że przekształcenie to następowało pod wpływem osuszania się klimatu w ostatnich okresach historii Ziemi – w późnym trzeciorzędzie i czwartorzędzie. Wiele grzybów o zamkniętych owocnikach przystosowało się następnie wtórnie do siedlisk bardziej wilgotnych – są to przedstawiciele sromotnikowców ( Phallales ). Owocniki tych grzybów mają zwykle kształty kuliste i składają się z trzech zasadniczych części: - warstwy rodzajnej, nazywanej gl...
Obraz

Polskie nazwy grzybów - pod lupą, czyli dlaczego podgrzybek brunatny musiał stać się podgrzybem brunatnym

Fot. 1. Podgrzyb brunatny ( Imleria badia ) = dawniej podgrzybek brunatny ( Xerocomus badius ). (fot. Barbara Kudławiec)   Od pewnego czasu w mediach toczy się dyskusja na temat zmian w polskich nazwach grzyb ó w. Pojawiły się pytania i wątpliwości dotyczące zasadności rekomendowanych zmian. Sk ąd chęć „grzebania” w nazwach? Kto je tworzy? Kto będzie z nich korzystał? Po co nam taki „tw ó r”, jak Komisja ds. Polskiego Nazewnictwa Grzyb ó w ? Ile tantiem dostają członkowie Komisji za swoje „wymysły” ? To tylko drobna porcja komentarzy i pytań, na które można natknąć się  w internecie. Postara my się odpowiedzieć na te i inne pojawiające się pytania i tym samym rozwiać przynajmniej część wątpliwości. Polskie Towarzystwo Mykologiczne (w skr ó cie PTMyk) powstało w 2011 roku jako pozarządowa organizacja non -profit. Skupia zar ó wno naukowc ó w, jak i praktyk ó w i pasjonat ó w mykologii. W grudniu 2012 roku powołano do działania Komisję ds. Polskiego Nazewnictwa Grzyb ó...
Obraz

Czy borowik zawsze ma gruby trzon?

  Borowik wysmukły  ( Boletus projectellus )  fot. Marta Wrzosek Kiedy mówimy: „borowik”, każdemu w głowie rodzi się obraz owocnika o krępym pokroju, z przysadzistym trzonem. Czy tak jest zawsze? Czy każdy borowik zawsze ma „gruby” trzon? Natura borowika jest przedziwna. Spotykane są borowiki zarówno o trzonach pękatych jak i smukłych. Te pierwsze to m. in. borowik szlachetny ( Boletus edulis ), borowik korzeniasty ( Boletus radicans ) czy borowik ponury ( Boletus luridus ). Od 2013 roku w Polsce, najprawdopodobniej po raz pierwszy, pojawił się borowik o nazwie łacińskiej Boletus projectellus . Dr hab. Marta Wrzosek z Uniwersytetu Warszawskiego, ówczesna przewodnicząca Polskiego Towarzystwa Mykologicznego, zwróciła się do Komisji ds. polskiego nazewnictwa grzybów (skład: prof. Maria Ławrynowicz UŁ, prof. W. Mułenko UMCS, dr hab. A. Biedunkiewicz UWM) działającej przy PTMyk-u o utworzenie polskiej nazwy dla amerykańskiego borowika. Gatunek został potwierdzony badaniami...
Obraz

Rzecz o sporach, czyli typy zarodników i sposoby ich powstawania u różnych grup grzybów

Ryc. 1. Zarodniki workowe (askospory) u  Sordaria macrospora  (autor: Aurora Storlazzi)   Grzyby to organizmy, których sposób rozmnażania mógłby niejednego przyprawić o ból głowy. Mnogość rodzajów, kształtów, sposobów powstawania oraz skomplikowane nazewnictwo. Które z nich są mitosporami, a które mejosporami, które endo-, a które egzosporami?   Spróbujmy uporządkować tę wiedzę. Grzyby rozmnażają się na trzy sposoby: płciowo, bezpłciowo i wegetatywnie. W obecnym rozważaniu zajmiemy się rozmnażaniem bezpłciowym, ponieważ wiąże się z powstawaniem wielu typów zarodników. Zacznijmy od prostego podziału na zarodniki: nieruchliwe ( aplanospory ) oraz ruchliwe ( zoospory ). Te drugie są produkowane przez grzyby, które bytują w wodach. Mają wić, pozwalającą im na aktywny ruch. Wici są różnorodne: biczykowate, czyli gładkie lub piórkowate, czyli z kurczliwymi włókienkami białkowymi (mastigonemami). A aplanospory? Są to zarodniki, których rodzajów jest znacznie więcej i ic...

Najchętniej czytane

Co jedzą ślimaki winniczki ?

Napotkanie w przyrodzie sytuacje czasem zaskakują i skłaniają do głębszych refleksji. Ot na przykład zamieszczone obok zdjęcie ślimaka winniczka, pełzającego po odchodach dzika. Ale co robi tam ślimak? Najwyraźniej się pożywia. I to rodzi się pytanie, co jedzą ślimaki winniczki? Na tak postawione pytanie można szukać rozwiązania na kilka sposobów:  1. Zapytać kogoś, sięgnąć do książek lub internetu,  2. Obserwować ślimaki w przyrodzie, wykonać eksperyment i zrobić sekcję ślimakowi, aby na podstawie budowy przewodu pokarmowego i jego zawartości wnioskować o sposobie odżywiania się i rodzaju pokarmu.  Mamy więc dwa elementy metodologii naukowej (wywodzącej się przecież z myślenia potocznego): sprawdzić to, co już ludzkość wie na ten temat (bo raz, że szybciej, a dwa, po to odkrywać Amerykę po raz kolejny), a jeśli są luki w wiedzy lub jej brak to samemu zbadać i lukę w wiedzy wypełnić. Najłatwiej i najprościej po prostu zapytać. Tak Homo sapiens czynił przez dziesiątki tys...

Rzecz o sporach, czyli typy zarodników i sposoby ich powstawania u różnych grup grzybów

Ryc. 1. Zarodniki workowe (askospory) u  Sordaria macrospora  (autor: Aurora Storlazzi)   Grzyby to organizmy, których sposób rozmnażania mógłby niejednego przyprawić o ból głowy. Mnogość rodzajów, kształtów, sposobów powstawania oraz skomplikowane nazewnictwo. Które z nich są mitosporami, a które mejosporami, które endo-, a które egzosporami?   Spróbujmy uporządkować tę wiedzę. Grzyby rozmnażają się na trzy sposoby: płciowo, bezpłciowo i wegetatywnie. W obecnym rozważaniu zajmiemy się rozmnażaniem bezpłciowym, ponieważ wiąże się z powstawaniem wielu typów zarodników. Zacznijmy od prostego podziału na zarodniki: nieruchliwe ( aplanospory ) oraz ruchliwe ( zoospory ). Te drugie są produkowane przez grzyby, które bytują w wodach. Mają wić, pozwalającą im na aktywny ruch. Wici są różnorodne: biczykowate, czyli gładkie lub piórkowate, czyli z kurczliwymi włókienkami białkowymi (mastigonemami). A aplanospory? Są to zarodniki, których rodzajów jest znacznie więcej i ic...

Szczotecznica szarawka: włochata piękność z lasu - dlaczego raz jest lepiej być widocznym a czasem nie?

(Fotografia autorstwa: Jutta Bündgen) Cykl życiowy wielu organizmów jest złożony, poszczególne stadia rozwojowe mogą się od siebie bardzo różnić wyglądem, siedliskiem życia, funkcją w ekosystemie. Złożoność przyrody jest ogromna ale wszystko ma jakiś sens. Odkrywanie tych zależności i powiązań jest niezwykle ekscytujące i wciągające. Zazwyczaj gąsienice motyli uważamy za brzydkie a motyle (stadium imago) za piękne. Ale w przypadku szczotecznicy szarawki jest chyba odwrotnie. Motyle (ćmy) są szarobure i nie zwracają na siebie większej uwagi. Natomiast gąsienice się przepięknie żółte i włochate. I jedno i drugie służy obronie. Szara barwa motyli ułatwia im ukrycie się na pniu drzew (gdy odpoczywają na pniu to trudno jest je zobaczyć). W rejonach uprzemysłowionych, gdzie powietrze jest bardziej zapylone i zadymione (a więc wszystko przykryte kurzem i szarzyzną) wśród szczotecznicy przeważają osobniki szare. W środowisku czystym liczniejsza jest forma jasna. Czyli tak, jak wyglądają pnie d...

Purchawki, purchawice, tęgoskóry i czasznice czyli o owocnikach gasteroidalnych

Fot. 1. Czasznica.  Grzyby gasteroidalne, czyli tzw. wnętrzniaki, to grupa grzybów, których cechą charakterystyczną jest zamknięcie hymenium wewnątrz owocnika aż do momentu dojrzałości zarodników. W skład tej grupy wchodzą gatunki należące do zupełnie odrębnych linii rozwojowych – z tego względu wnętrzniaki podzielone zostały na szereg mniejszych jednostek w randze rzędów. Wnętrzniaki pochodzą prawdopodobnie od pieczarkowców ( Agaricales ), u których pojawiła się tendencja do przekształceń owocników kapeluszowych w owocniki zamknięte. Przypuszcza się, że przekształcenie to następowało pod wpływem osuszania się klimatu w ostatnich okresach historii Ziemi – w późnym trzeciorzędzie i czwartorzędzie. Wiele grzybów o zamkniętych owocnikach przystosowało się następnie wtórnie do siedlisk bardziej wilgotnych – są to przedstawiciele sromotnikowców ( Phallales ). Owocniki tych grzybów mają zwykle kształty kuliste i składają się z trzech zasadniczych części: - warstwy rodzajnej, nazywanej gl...

Polskie nazwy grzybów - pod lupą, czyli dlaczego podgrzybek brunatny musiał stać się podgrzybem brunatnym

Fot. 1. Podgrzyb brunatny ( Imleria badia ) = dawniej podgrzybek brunatny ( Xerocomus badius ). (fot. Barbara Kudławiec)   Od pewnego czasu w mediach toczy się dyskusja na temat zmian w polskich nazwach grzyb ó w. Pojawiły się pytania i wątpliwości dotyczące zasadności rekomendowanych zmian. Sk ąd chęć „grzebania” w nazwach? Kto je tworzy? Kto będzie z nich korzystał? Po co nam taki „tw ó r”, jak Komisja ds. Polskiego Nazewnictwa Grzyb ó w ? Ile tantiem dostają członkowie Komisji za swoje „wymysły” ? To tylko drobna porcja komentarzy i pytań, na które można natknąć się  w internecie. Postara my się odpowiedzieć na te i inne pojawiające się pytania i tym samym rozwiać przynajmniej część wątpliwości. Polskie Towarzystwo Mykologiczne (w skr ó cie PTMyk) powstało w 2011 roku jako pozarządowa organizacja non -profit. Skupia zar ó wno naukowc ó w, jak i praktyk ó w i pasjonat ó w mykologii. W grudniu 2012 roku powołano do działania Komisję ds. Polskiego Nazewnictwa Grzyb ó...

Zajrzyj pod kapelusz grzyba i sprawdź co zobaczysz

Fot. 1. Cantharellus cibarius , listewki  Grzyby występujące w naszych lasach zaliczamy w większości do wielkoowocnikowych ( Macromycetes ). Budowa morfologiczna (zewnętrzna) owocników tych grzybów jest cechą charakterystyczną dla rzędu czy rodziny. Zazwyczaj określa się je jako: kapeluszowe, czyli agarykoidalne. Nazwa ta pochodzi od nazwy łacińskiej pieczarki – Agaricus , która jest chyba jednym z najbardziej znanych grzybów występujących na łąkach ale dostępnych także w sprzedaży detalicznej. W budowie owocnika wyróżniamy dwa podstawowe elementy: trzon i kapelusz. Czy zastanawialiście się co grzyb ma pod kapeluszem? Na pewno można byłoby określić to „miejsce” jako „fabryka produkująca zarodników służące do rozprzestrzeniania się na znaczne odległości”. Przyjrzyjmy się temu z bliska. Grzyby należące do podstawczaków ( Basidiomycetes ) tworzą na ogół widoczne owocniki o średnicy powyżej 0,5 cm lub 0,1 cm). Ich miąższ może wykazywać dużą różnorodność pod względem charakteru pseudotk...

Czy borowik zawsze ma gruby trzon?

  Borowik wysmukły  ( Boletus projectellus )  fot. Marta Wrzosek Kiedy mówimy: „borowik”, każdemu w głowie rodzi się obraz owocnika o krępym pokroju, z przysadzistym trzonem. Czy tak jest zawsze? Czy każdy borowik zawsze ma „gruby” trzon? Natura borowika jest przedziwna. Spotykane są borowiki zarówno o trzonach pękatych jak i smukłych. Te pierwsze to m. in. borowik szlachetny ( Boletus edulis ), borowik korzeniasty ( Boletus radicans ) czy borowik ponury ( Boletus luridus ). Od 2013 roku w Polsce, najprawdopodobniej po raz pierwszy, pojawił się borowik o nazwie łacińskiej Boletus projectellus . Dr hab. Marta Wrzosek z Uniwersytetu Warszawskiego, ówczesna przewodnicząca Polskiego Towarzystwa Mykologicznego, zwróciła się do Komisji ds. polskiego nazewnictwa grzybów (skład: prof. Maria Ławrynowicz UŁ, prof. W. Mułenko UMCS, dr hab. A. Biedunkiewicz UWM) działającej przy PTMyk-u o utworzenie polskiej nazwy dla amerykańskiego borowika. Gatunek został potwierdzony badaniami...

Charakterystyka Hirudo medicinalis i jej krewniaczek

  Ubarwienie ciała  Hirudo medicinalis . Litera A oznaczono stronę grzbietową ciała, a litera B stronę brzuszną ( Petrauskiene  i in. 2009; modyfikowane). Gatunki pijawek, które zostaną krótko scharakteryzowane, żeby było ciekawie są gatunkami pożytecznymi, stosowanymi w zabiegach leczniczych (medycyny niekonwencjonalnej) - hirudoterapii i możemy natknąć się   na nie w trakcie letnich kąpieli.  Pijawka lekarska Hirudo medicinalis jest szeroko rozpowszechniona w Palearktyce. Wyjątek stanowią Islandia oraz północna część Półwyspu Skandynawskiego, w których gatunek ten nie występuje. Hirudo medicinalis jest gatunkiem zawleczonym z Ameryki Północnej. Pijawka lekarska żyje najczęściej w niewielkich zbiornikach wodnych. Preferuje siedliska pokryte liczną roślinnością . Niektórzy ekolodzy rozważają problem możliwości wyparcia H. medicinalis przez H. verbana . Jest to spowodowane niekontrolowanym wprowadzeniem tych pijawek do środowiska, co prowadzi do pojawienia ...